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碳源是微生物生长一类营养物，是含碳化合物。 常用的碳源有糖类、油脂、有机酸及有机酸酯和小分子醇。 根据微生物所能产生的酶系不同，不同的微生物可利用不同的碳源。 碳源对微生物生长代谢的作用主要为提供细胞的碳架，提供细胞生命活动所需的能量，提供合成产物的碳架。 碳源在制作微生物培养基或细胞培养基时有重要的作用，为微生物或细胞的正常生长，分裂提供物质基础。 随着废水脱氮要求的提高，碳源的生产技术也在不断提高，主要是通过生物工程原理，发酵一些糖类和农业废弃物，生产无毒无害的生物制品，其主要成分是小分子有机酸、醇类和糖类。与单一化学品相比，更容易被微生物利用，使用成本也比单一化学品便宜，因此具有极高的性价比。
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